Titre 

"Détermination du protéome du virus de la Dermatose Nodulaire Contagieuse Bovine et caractérisation d'antigènes d'intérêt diagnostique"

Résumé

Le virus de la Dermatose Nodulaire Contagieuse (DNCV) est l'agent étiologique d'une maladie bovine économiquement importante qui doit être notifiée à l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE). Au cours des dernières décennies, la maladie s’est propagée à un rythme alarmant sur le continent africain, au Moyen-Orient, en Europe de l’Est, dans la Fédération de Russie et dans de nombreux pays asiatiques. Bien que plusieurs génomes complets du LDSV aient rendu possibles des analyses génétiques comparatives plus approfondies, les connaissances sur la composition protéique de la particule du DNCV restent insuffisantes. La grande et complexe particule enveloppée du DNCV renferme un génome d'ADN linéaire double brin de 151 kpb, comprenant 156 ORF prédits, ainsi qu'une variété de protéines qui ne sont pas encore identifiées. Dans ce travail de doctorat, les virions matures (MV) du LSD de la souche KSGP-0240 ont été purifiés grâce à un processus d'ultracentrifugation en plusieurs étapes spécialement développé. La composition protéique des virions du DNCV a ensuite été analysée à l’aide d’une approche protéomique sans marquage de type Shotgun, basée sur la chromatographie nano-liquide (LC) et la spectrométrie de masse en tandem. Cette procédure a abouti à l’identification d’un total de 111 protéines du DNCV. Considérant que ce premier protéome des MV s'étendait au-delà des protéines embarquées lors de l’enveloppement, à des protéines contaminates co-purifiées, une méthodologie analytique a été développée et a permis de sélectionner 66 protéines virales comme candidates à l’enveloppement des MV. Ces protéines virales ont été analysées comparativement à des protéines précédemment démontrées comme étant constitutives de la particule MV du virus de la vaccine. Cette étude fournit pour la première fois une analyse protéomique complète d’une particule infectieuse de DNCV, incitant à de nouveaux efforts visant à caractériser davantage les souches de DNCV par protéomique. De plus, cette première incursion dans le protéome du capripoxvirus représente l'une des rares études protéomiques au-delà du seul genre Orthopoxvirus, pour laquelle la plupart des études protéomiques ont été réalisées. Fournir de nouvelles informations sur d'autres chordopoxvirus pourrait contribuer à apporter un nouvel éclairage sur la composition protéique au sein de la famille des Poxviridae. Enfin, cette étude contribue à notre meilleure compréhension des caractéristiques structurelles des particules infectieuses du DNCV et ouvre la voie au développement ultérieur d’outils de diagnostic et de vaccination améliorés.

Mots clefs

Dermatose Nodulaire Contagieuse, Poxvirus, Particules virales infectieuses, Protéome, Spectrométrie de masse, Purification, Gradient continu de sucrose, Gradient continu de tartrate

Jury

Christelle CAMUS BOUCLAINVILLE, Maître de Conférences des Universités, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse - Rapportrice
Luc CAMOIN, Ingénieur de Recherche INSERM, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille - Rapporteur
Anne-Nathalie VOLKOFF, Directrice de recherche INRAE, Université de Montpellier - Examinatrice
Stéphane BERTAGNOLI, Professeur des Universités, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse - Examinateur
Philippe HOLZMULLER, Chercheur CIRAD UMR ASTRE  -  Directeur de thèse

Sous la direction de Philippe HOLZMULLER et la co-direction de Philippe CAUFOUR et Bernard FERNANDEZ