Identifier les facteurs génomiques associés à la virulence bactérienne et comprendre la spécificité d’hôte

Identifier les effecteurs du système de sécrétion de type IV (ET4) des Anaplasmataceae et élucider leurs fonctions à l’intérieur de la cellule hôte pour manipuler les voies de signalisation et l’immunité de l’hôte, est crucial pour imaginer des alternatives thérapeutiques contre ces bactéries zoonotiques. De plus, la plasticité génomique des bactéries intracellulaires obligatoires, via les transferts géniques horizontaux ou des évènements de recombinaison, semble jouer un rôle majeur dans l’évolution de ces bactéries, leur adaptation à des conditions environnementales changeantes et la colonisation de nouvelles niches écologiques (hôtes).

L’objectif de cette thèse a été de mieux comprendre quels sont les facteurs génomiques associés à la virulence bactérienne et à la spécificité d’hôte. Plusieurs approches menées en parallèle ont permis i) de prédire les ET4 chez les bactéries, ii) d’identifier les répertoires d’ET4 ou effectomes en lien avec la virulence bactérienne au sein de l’espèce Ehrlichia chaffeensis, iii) d’identifier le super-répertoire d’ET4 du genre Ehrlichia en lien avec la spécificité d’hôte et iv) de développer de nouvelles méthodes d’analyse de l’architecture des génomes pour mieux comprendre le concept de plasticité génomique.

Membres du jury

Prof. Gwennaële FICHANT, Université Paul Sabatier, Toulouse, Rapporteur 
Prof Matthieu ARLAT, Université Paul Sabatier, Toulouse, Rapporteur 
Dr Stéphanie GUYOMARD, Institut Pasteur, Guadeloupe, Examinateur 
Dr. Yann REYNAUD,  Institut Pasteur, Guadeloupe, Examinateur 
Dr Pierre-Yves TEYCHENEY, CIRAD, Guadeloupe, Examinateur  
Pr Olivier GROS, Université des Antilles, Guadeloupe, Directeur 
Dr. Damien MEYER, CIRAD, Guadeloupe, Co-directeur