En Asie du Sud-Est, la consommation de viande sauvage est très répandue, et peut être à l’origine de transmissions de virus à l’homme C'est de cette région également qu'est probablement originaire le virus SARS-Cov-2 à l'origine de la pandémie de Covid-19.

Ce sont sur ces questions et plus précisément sur la surveillance et la détection précoce des pathogènes hébergés par les animaux sauvages que le projet ZooCov, coordonné par le Cirad, s'est penché durant un an et demi au Cambodge.

Vers la mise en place d'un système de surveillance intégré des betacoronavirus dans la filière de viande de brousse au Cambodge

Le projet ZooCov vise à produire de nouvelles connaissances sur les chaînes de distribution et de consommation de la viande sauvage au Cambodge, établir un inventaire de la diversité des beta-CoVs qui circulent le long de ces chaînes et développer un système intégré de surveillance du risque de transmission des beta-CoVs à l’humain.

Combiner les questions de santés animale, humaine et environnementale

Lancé au tout début de la pandémie, sur un financement de l' Agence nationale de la recherche  et la région Occitanie, ZooCov s'est focalisé sur quatre axes de recherche :

1. Identifier et analyser les chaînes commerciales de viande sauvage sur deux zones pilotes ;
2. Analyser les pratiques de consommation de cette viande de brousse ;
3. Documenter :la diversité des betacoronavirus circulant sur les animaux consommés ainsi que sur certaines colonies de chauves-souris et de rongeurs présentes dans les zones d’étude ;
4. l’exposition des humains à ces betacoronavirus ;
5. les facteurs de risque d’exposition des hommes à ces betacoronavirus ;
6. Élaborer un cadre méthodologique pour la détection précoce des transmissions des betacoronavirus aux hommes.

Deux ans après, le projet livre ses premiers résultats.

La première de ses réussites touche à la mise en œuvre concrète de l'approche One Health, consistant à combiner les questions de santé animale, santé humaine et santé environnementale. Ce type d'approche permettra de mettre en place des stratégies de prévention de l'émergence de maladies, notamment zoonotiques, avant que les populations humaines commencent à être affectées.

Ce travail a tout d’abord été rendu possible grâce au soutien des trois ministères cambodgiens concernés : Agriculture, Environnement et Santé. Ce soutien a permis de mettre en place une collaboration internationale entre dix-sept partenaires - organismes de recherche, ONG, universités, instituts privés, etc. - couvrant les domaines de l’écologie, la conservation, les sciences sociales, l’épidémiologie et la virologie*.

Des échantillons prélevés sur plus de 2100 animaux et 1000 personnes

C’est dans ce cadre multidisciplinaire fructueux que les équipes ont pu décrire les filières commerciales. Les scientifiques ont identifié les principales espèces chassées et consommées, les pathogènes en circulation ainsi que les personnes les plus en contact avec ces animaux et donc, les plus à risque d’être infectés.

Les chercheurs et les chercheuses ont ainsi prélevé des échantillons sur plus de 2100 animaux - rongeurs, civettes, singes, chauves-souris, cerfs, etc. Ces échantillons ont été testés pour la détection de coronavirus et 24 se sont révélés positifs (1.1%), dont certains pour des virus proches du Sars-Cov2.

Coronavirus | Cibler la surveillance pour une détection précoce

Mieux connaitre la circulation de coronavirus chez les chauves-souris révèle des possibilités de détection précoce de foyers infectieux chez ces animaux. Ces travaux, publiés dans Scientific Reports, ont été menés au Cambodge par des équipes du Cirad et leurs partenaires. Leur objectif à long terme est double : limiter la propagation de maladies aux humains et préserver la biodiversité.

En parallèle, des prélèvements ont été effectués sur plus de 1000 personnes pour quantifier leur exposition à ces pathogènes. Celles-ci ont également été interrogées dans le cadre d’enquêtes sociologiques sur leurs pratiques de consommation ou de chasse et sur ce qui motivaient ou limitaient ces pratiques.

L’intégration d’une approche sociologique, un des éléments clés du projet

L’intégration des sciences sociales dès le lancement du projet constitue d’ailleurs une seconde réussite marquante, qui a permis de développer un volet anthropologique majeur.

Par le biais de ces enquêtes, le projet rassemble désormais des résultats sur la perception du commerce de la viande de brousse par les populations et des risques associés auxquels elles sont exposées, ou sur l'impact de la crise du Covid-19 sur les pratiques de chasse et/ou de consommation.

Par exemple, dans une des provinces d’étude, sur 107 foyers visités, 77 % de la population déclarait avoir consommé de la viande de brousse le mois précédent. Autre résultat marquant dans une autre zone, près de 80 % de la population est en contact et exposée à la faune sauvage, au cours d’activités diverses : consommation, vente et chasse de faune sauvage, activité de rangers ou de forestiers.

Ces résultats chiffrés serviront de point d’ancrage au futur réseau de surveillance intégré dont le Cirad et ses partenaires ont mis en place les premières fondations, au sens de l'approche One Health. « Nous sommes partis d’un réseau de surveillance de la faune sauvage piloté par le WCS, explique Véronique Chevalier, vétérinaire au Cirad et coordinatrice du projet. Nous avons évalué la sensibilité de ce réseau, c’est-à-dire sa capacité à détecter la circulation de ces pathogènes. »

Enfin, le cadre juridique qui régule ce commerce au Cambodge, et le positionnement des acteurs – rangers, traders, autorités, mais aussi consommateurs et chasseurs – vis-à-vis de ce cadre, ont été examinés. Ceci afin d’aboutir à terme une meilleure intégration, acceptabilité et durabilité de cette surveillance.

Des résultats qui ouvrent la voie à des projets d’envergure

L'équipe du projet examine à présent plusieurs axes d'amélioration. Les scientifiques s’appuient pour cela sur les données concernant les personnes les plus à risque ou les pics saisonniers de circulation de ces betacoronavirus.

Une de ces améliorations consistera à combiner ce réseau de surveillance de la faune avec une surveillance de santé humaine dite « syndromique », c’est-à-dire basée sur la détection de symptômes généraux tels que la fièvre ou la toux.

D’autres pistes telles qu’une surveillance écologique ou bien une surveillance sérologique active sur les animaux sauvages et/ou domestiques feront l’objet d’une évaluation dans le cadre de projets de plus grande envergure qui s’appuieront, entre autres, sur les résultats de Zoocov.

Le projet BCOMING, notamment, traitera des questions de conservation de la biodiversité dans l'idée d'atténuer les risques d'émergence des maladies infectieuses. Il sera financé par le programme Horizon Europe avec un budget de 6 millions d'euros et coordonné par le Cirad.

* Partenaires du Cirad dans le cadre du projet ZooCov

• BirdLife InternationalControl Disease Center cambodgien
• Centre Nationale de la Recherche Scientifique (CNRS)
• Collège de France
• Elephant Livelihood Initiative Environment (E.L.I.E)
• Flora and Fauna International (FFI)
• Hong Kong University (HKU)
• Institut Pasteur du Cambodge (IPC)
• Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
• International Development Enterprise (iDE)
• Jahoo, World Hope International
• Ministère de l’Agriculture des Forêts et Pêches, Administration des Forêts du Cambodge
• Ministère de l’Environnement du Cambodge
• Ministère de la Santé du Cambodge
• Réseau GREASE
• Wildlife Conservation Society (WCS)
• World Wildlife Fund (WWF)

(Article du Cirad Communication du 24/03/2022)