Titre

"Écologie spatiale des chauves-souris frugivores (Pteropodidae) dans le contexte d’émergence de maladies virales zoonotiques"

Résumé 

Prévenir les risques d’épidémies est devenu un enjeu sanitaire et économique mondial, comme en témoigne l’émergence récente du SARS-COV-2. Cette Thèse vise à améliorer les connaissances sur l’utilisation de l’espace des chauves-souris frugivores (Pteropodidae) dans des environnements modifiés par l’homme. Ce travail mobilise des données de télémétrie satellitaire chez (i) la roussette de Lyle (Pteropus lylei), espèce réservoir du virus Nipah en Asie, et (ii) la chauve-souris à tête de marteau (Hypsignathus monstrosus), impliquée dans la circulation du virus Ebola en Afrique. La population étudiée de roussette de Lyle était déjà connue pour se nourrir préférentiellement dans les zones résidentielles d’un environnement fragmenté au Cambodge. La chauve-souris à tête de marteau, dont l’utilisation des habitats était méconnue, a été étudiée dans une région forestière en République du Congo – épicentre d’épidémies humaine d’Ebola en 2001–2005. De plus, des données de captures directes de chauves-souris ont été collectées dans cette dernière région. Il ressort de ces travaux que la chauve-souris à tête de marteau se nourrit préférentiellement dans les terres agricoles qui entourent les petits villages forestiers. Les individus de roussette de Lyle visitent davantage d’aires d’alimentation dans l’habitat préférentiel durant la nuit, tandis que les chauves-souris à tête de marteau y passent plus de temps sans multiplier le nombre d’aires visitées. Ces deux espèces bénéficient ainsi des ressources anthropiques à l’échelle de la population selon deux stratégies de déplacements individuels, qui sont possiblement ajustées selon le degré de fragmentation de l’environnement. Chez la chauve-souris à tête de marteau, les aires d’alimentation dans la forêt sont délaissées par les individus qui restent longtemps dans le site d’accouplement durant la nuit, ce qui suggère un rôle des terres agricoles dans l’établissement et le maintien des sites d’accouplement. Au cours de nuits successives, les deux espèces revisitent davantage une aire d’alimentation lorsqu’elles y ont passé beaucoup de temps lors de leur dernière visite. Par ailleurs, une communauté de sept espèces de chauves-souris frugivores a été identifiée dans la région étudiée en Afrique. La probabilité d’occurrence de quatre espèces était plus importante dans les villages, tandis que les autres espèces n’étaient pas influencées par l’habitat. L’ensemble de ces travaux fournit de nouvelles informations sur l’utilisation de l’espace des chauves-souris frugivores dans le cadre de leurs activités nocturnes d’alimentation et de reproduction. Ces données pourraient être intégrées dans des modélisations épidémiologiques visant à mieux comprendre les interactions entre les chauves-souris frugivores, les humains ou les animaux domestiques, ainsi que les voies de transmission de pathogènes.

Mots clés

Ecologie comportementale, Ebola, Télémétrie, Chauves-souris, Afrique Centrale, Ecologie des communautés

Jury

Cette thèse sous la direction de Alexandre CARON, Co-Dir Mathieu BOURGAREL, Julien CAPPELLE et Hélène DE NYS, encadrant, CIRAD, UMR Astre, dans le cadre du projet EBO SURSY.