Outils, logiciels & bases de données

Logiciels et bases de données conçus par l'unité.

Surveillance Vectorielle

AVAbase, Arthropod Vectors of interest for Animal Health database

Ressource pour les entomologistes médicaux et vétérinaires.
Contacts : Claire Garros, Laurence Vial

OCAPI

Organisation des CAmpagnes de PIégeage pour la surveillance entomologique.
Contact : David Chavernac

IIK Culicoides

Logiciel d'identification des culicoides.
Contact : Bruno Mathieu

Dynamique des populations de moustiques

Contacts : Annelise Tran et Jean-Charles Sicard


Surveillance et contrôle des maladies animales et zoonotiques

SurvTools

Outils d'aide à la décision en définition et évaluation de la surveillance.
Contacts : Marisa Peyre et Flavie Goutard

EVACs

Outil d'évaluation des stratégies de vaccination des maladies animales

Contact : Marisa Peyre

Vaccicost

Outil d'évaluation des coûts de vaccination.
Contact : Renaud Lancelot

PADI-web (Platform for Automated Extraction of Animal Disease Information from the Web) 

 Un logiciel de veille sanitaire pour analyser l’émergence et la propagation de maladies animales

La détection précoce d’émergences d’agents pathogènes au niveau mondial est essentiel afin de prévenir la propagation de dangers sanitaires et leur introduction dans des zones indemnes. La thématique "Veille sanitaire internationale" (VSI) de la Plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale (Plateforme ESA) a pour objectif l’identification, le suivi et l’analyse de signaux relatifs aux dangers sanitaires menaçant le territoire français en santé animale (au sens large).

Dans le cadre de la VSI, le Cirad, l’Anses, la DGAl et l’INRA développent depuis 2013 un système de veille automatique du Web qui effectue : (1) le recueil quotidien de dépêches épidémiologiques provenant de sources non officielles, incluant les médias électroniques, (2) l’extraction automatique d’informations (nom de maladie ou signes cliniques, lieu, date et espèce touchée) issues de ces dépêches et (3) une restitution synthétique et agrégée de l’information (cartes, séries temporelles).

Actuellement, l’outil PADI-web permet de surveiller cinq maladies exotiques animales : peste porcine africaine, influenza aviaire hautement pathogène, dermatose nodulaire contagieuse bovine, fièvre catarrhale ovine et virus de Schmallenberg. Toutefois, l’outil est développé de façon générique et permet donc une application plus large à d’autres maladies. Ce système sera utilisé par la Plateforme ESA dans le cadre de la VSI pour la France et par le réseau de vétérinaires CaribVet pour les Caraïbes.

Trois unités de recherche sont impliquées dans le développement de cet outil : ASTRE, TETIS (Montpellier), EPIA (Clermont-Ferrand)
Contacts : Sylvain Falala et Alizé Mercier

Carte interactive multi-maladies

La cellule de Veille sanitaire internationale (VSI) a mis au point pour la plateforme ESA un outil de visualisation interactif multi-maladies qui permet de représenter de manière dynamique les foyers et les cas de plusieurs maladies suivies en continu dans le cadre de la VSI. Il s’agit de :

  • L’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP)
  • La peste porcine africaine (PPA)
  • La dermatose nodulaire contagieuse bovine (DNCB)
  • La fièvre West-Nile (WN)
  • La fièvre catarrhale ovine (FCO)

Pour chacune de ces maladies, une carte et une série temporelle permettent de représenter l’évolution spatiale et temporelle des foyers.

Présentation complète sur le site de la plateforme ESA
Accès direct
Contacts : Sylvain Falala et Alizé Mercier


Autres

SATE, Searching Algorithm for Type IV secretion system Effector proteins

Logiciel enregistré et déposé à l'Agence pour la Protection des Programmes (APP) en 2012 - n° IDDN.FR.001.310023.000.S.P.2012.000.31230

Auteurs : C. Noroy, D. Meyer.
Contact : Damien Meyer

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